A frequência de ataques com aviões não-tripulados dos EUA no Paquistão aumentou em setembro em áreas tribais onde a OTAN alega ter pouca cooperação do exército. Alguns deles aconteceram sem autorização do governo paquistanês. A mais grave situação ocorreu após um voo de patrulhamento da ISAF (International Security Assistance Force) causar baixas na tropa paramilitar de fronteira paquistanesa, e impacto negativo na mídia e na opinião pública. O governo paquistanês reagiu ao que interpreta como uma violação de sua soberania fechando a passagem na fronteira entre Paquistão e Afeganistão em 30 de setembro. Explosões a comboios da OTAN ocorreram em seguida em outros locais, evidenciando a vulnerabilidade das rotas para suprimentos não-letais. Após o pedido de desculpas do secretário-geral da OTAN, Anders Rasmussen, e de autoridades dos EUA, a passagem foi reaberta em 10 de outubro. O resultado político foi o estremecimento da relação entre os dois países. Fontes anônimas, citadas pelo jornal Washington Post, dizem que exército e partidos de oposição estariam planejando a formação de um novo governo. O fim do governo atual se daria por manobras parlamentares ou pela convocação de novas eleições, e não por golpe. Em relatório do Conselho de Segurança Nacional apresentado ao Congresso a pedido deste último, a Casa Branca criticou a atuação do Paquistão no combate aos insurgentes e não poupou o presidente Asif Ali Zardari, enfraquecido pela desconfiança das forças armadas, pelas enchentes e pela fragilidade econômica do país.